Der Nationalpark Donau-Auen hat seit seiner Gründung die Zusammenarbeit mit internationalen Partnern in Tourismus und Naturschutz kontinuierlich erweitert.
So wurden Kontakte zur ICPDR / IKSD (Internationale Donauschutz Kommission) und IAD (Internationale Arbeitsgemeinschaft Donau) aufgebaut. Der Nationalpark Donau-Auen ist weiters Mitglied der EUROPARC Federation, des größten Netzwerks europäischer Schutzgebiete.