Große Erfolge wurden im ökologischen Flussbau in Kooperation mit viadonau erzielt. Durch Regulierung abgetrennte Altarme wurden wieder an die Donau angebunden, hart befestigte Uferabschnitte natürlich gestaltet. Dadurch wird der Charakter einer dynamischen Aulandschaft nicht nur erhalten, sondern auch wieder verbessert. Hochwässer dringen vermehrt ins Gebiet vor und gestalten dieses laufend um. Dadurch entstehen jene Lebensräume, die einer Vielzahl gefährdeter Arten nützen, wie weite, unbewachsene Schotterflächen und steile Uferanrisse.
Einem ersten Gewässervernetzungsprojekt in Haslau-Regelsbrunn, initiiert von WWF und Nationalparkplanung, folgten weitere in Orth/Donau und Schönau. Gegenüber von Hainburg wurde auf fast 3 km Länge die Verbauung abgetragen – schon kurz danach hat sich die Donau diese Flächen zurückgeholt und ein strukturreiches, natürliches Ufer gestaltet. Diese innovativen Projekte riefen rasch europaweit Interesse hervor. In Folge wurden weitere Uferbereiche im Nationalpark rückgebaut und der Hainburger Johlerarm wieder mit dem Fluss verbunden. Ein weiteres Projekt hat die Renaturierung des Spittelauer Arms in der Stopfenreuther Au ermöglicht, der nun über weite Teile des Jahres durchströmt wird. Die nächsten Vorhaben sind bereits in Planung.
Die internationale Kooperation und der Erfahrungsaustausch mit Partnerschutzgebieten ist ein wesentlicher Schwerpunkt der Nationalparkarbeit. Das Netzwerk DANUBEPARKS, gegründet auf Initiative des Nationalpark Donau-Auen, umfasst Schutzgebiete von Bayern bis ins Donaudelta und setzt laufend gemeinsame Projekte in Natur- und Artenschutz sowie Ökotourismus um. Der Alpen Karpaten Fluss Korridor als erfolgreich umgesetztes Projekt in der Centrope Region Wien-Bratislava ermöglichte ökologische Verbesserungen an mehreren Donauzubringern wie Fischa, Schwechat und weiteren Flüssen in der benachbarten Slowakei unter intensiver Einbindung der örtlichen Bevölkerung.