Mit Laufzeit Jänner 2020 bis Okober 2023 war der Nationalpark Donau-Auen Projektpartner im grenzübergreifenden Projekt „Ecoregion SKAT“. Das Projekt wurde im Rahmen des Kooperationsprogramms INTERREG V-A SK-AT kofinanziert.
Zu den Hauptzielen zählten vertiefte, länderübergreifende Kooperation zwischen Naturschutzakteuren sowie eine Verbesserung und Entwicklung ökotouristischer Bildungsangebote für die March-Donau Region unter Einbindung der lokalen Bevölkerung in Österreich und der Slowakei.
Für den Nationalpark Donau-Auen bedeutete Ecoregion SKAT, über die Nationalpark- und Landesgrenzen hinaus weiter aktiv zu sein. In Kooperation mit der Region Marchfeld wurden wertvolle Landschaftselemente und Naturdenkmäler außerhalb des Nationalparks erhoben und im Zuge der NÖ Landesausstellung 2022 im Schloss Marchegg präsentiert.
In einem bereits abgeschlossenen Lehrgang für Naturvermittlung erhielten Naturinteressierte die Möglichkeit, ihr Wissen zu vertiefen und Gäste der Landesausstellung zu den Naturschätzen der Region zu führen. Außerdem wurden grenzübergreifende Aktivitäten der Nationalpark-Schulkooperationen und Junior Ranger Camps durch Exkursionen zu slowakischen Naturschauplätzen und Schüleraustausch gefördert. Workshops und Naturwanderungen in Gemeinden trugen bei, die lokale Bevölkerung einzubinden und zu sensibilisieren.