Der schmale Schönauer Auwaldstreifen ist einer der dynamischsten Bereiche des Nationalparks. Ursprünglich war dieser Seitenarm von zwei Traversen, befestigten Steindämmen, die ein Überqueren zur Donau hin ermöglichten, unterbrochen. Diese wurden 2003 durch Brücken ersetzt, sodass der Seitenarm wieder durchgängig wurde. Weiters wurde an zwei Stellen der Treppelweg so weit abgesenkt, dass hier bei höheren Pegeln wieder Wasser aus der Donau in die Au und ihre Gewässer strömen kann.

Es nimmt dabei viel Schotter mit und lagert ihn immer wieder zu neuen Inseln um, wovon Kiesbrüter wie Flussregenpfeifer und Flussuferläufer profitieren. Sie legen zwischen den Steinen in einer Mulde die Eier ab. Hier im Seitenarm sind die Gelege auf den Schotterflächen vor dem Wellenschlag der Großschifffahrt weitgehend sicher. Durch das laufende Anreißen neuer Uferkanten findet auch der Eisvogel Brutplätze. Im Winter friert der Schönauer Arm nur stellenweise zu. Besonders gefiederte Wintergäste nützen die eisfreien Bereiche zur Nahrungssuche. Besonders eindrucksvoll ist die Schlafkolonie der Kormorane, die sich hier allabendlich zu Hunderten treffen.

In den steilen Uferböschungen graben Biber ihre Bauten, im Winter kann man sie mit etwas Glück schon am späten Nachmittag beobachten. Nach jedem höheren Wasserstand füllen sich Tümpel und bieten zahlreichen Fröschen und Kröten einen Lebensraum, im Frühling sind sie wichtige Laichplätze. In diesem besonders dynamischen Aubereich wasserseits des Dammes verändert das Wasser die Landschaft ununterbrochen.
Bei niedrigem Wasserstand zeigen die sandigen Ufer den Reichtum an tierischen Bewohnern, denn viele von ihnen hinterlassen hier ihre Spuren.

Den starken Gegensatz dazu bildet das Kühwörter Wasser, gleich außerhalb des Hochwasserschutzdamms. Dieser östlichste Ausläufer der Lobau ist ein typischer Altarm mit weiten Schilfflächen. Hier lässt sich auch ein besonderes Phänomen beobachten. Steht man auf der kleinen Holzbrücke und das Wasser strömt von Osten nach Westen, dann bedeutet es, dass die Donau Hochwasser zu führen beginnt. Sie drückt dann durch den Schönauer Schlitz, einer schmalen Öffnung im Damm ungefähr einen Kilometer östlich, und staut gegen die Strömungsrichtung „bergauf“ in die Lobaugewässer zurück.

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