Od januára 2020 do októbra 2023 bol Národný park Donau-Auen projektovým partnerom v cezhraničnom projekte "Ekoregión SKAT". Projekt bol spolufinancovaný v rámci programu spolupráce INTERREG V-A SK-AT.
Medzi hlavné ciele patrila hĺbková cezhraničná spolupráca medzi subjektmi ochrany prírody a zlepšenie a rozvoj ekoturistických vzdelávacích programov pre oblasť Moravy a Dunaja so zapojením miestneho obyvateľstva v Rakúsku a na Slovensku.
Pre Národný park Donau-Auen znamenal Ekoregión SKAT pokračovanie v aktivitách presahujúcich hranice národného parku a štátu. V spolupráci s regiónom Marchfeld sa v rámci Dolnorakúskej krajinskej výstavy 2022 uskutočnil prieskum cenných krajinných prvkov a prírodných pamiatok mimo národného parku a ich prezentácia na zámku Marchegg.