Veľké úspechy sa dosiahli v oblasti ekologického riečneho inžinierstva v spolupráci s firmou viadonau. Staré ramená, ktoré boli reguláciou odrezané, boli znovu napojené na Dunaj a spevnené úseky brehov boli upravené do prírodnej podoby. Tým sa charakter dynamickej lužnej krajiny nielen zachováva, ale sa aj zlepšuje. Povodne čoraz viac prenikajú do oblasti a neustále ju pretvárajú. Vytvárajú sa tak biotopy, ktoré sú prospešné pre veľké množstvo ohrozených druhov, ako sú široké, nezalesnené štrkové plochy a strmé brehové zlomy.
Po prvom projekte prepojenia vodnej siete v Haslau-Regelsbrunn, ktorý inicioval WWF a plán Národného parku, nasledovali ďalšie v Orth/Donau a Schönau. Na druhom brehu oproti Hainburgu bolo odstránených takmer 3 km násypov - krátko nato Dunaj tieto plochy zrekultivoval a vytvoril štrukturálne bohatý, prirodzený breh. Tieto inovatívne projekty rýchlo vzbudili záujem v celej Európe. Následne boli zrekultivované ďalšie brehy v národnom parku a rameno Hainburger Johlerarm bolo znovu napojené na rieku. Ďalší projekt umožnil renaturáciu ramena Spittelauer Arm v oblasti Stopfenreuther Au, ktoré je teraz sprietočnené po veľkú časť roka. Ďalšie projekty sa už plánujú.
Medzinárodná spolupráca a výmena skúseností s partnerskými chránenými oblasťami je základným cieľom práce národných parkov. Sieť DANUBEPARKS, ktorá vznikla z iniciatívy Národného parku Donau-Auen, zahŕňa chránené územia od Bavorska po deltu Dunaja a nepretržite realizuje spoločné projekty v oblasti ochrany prírody a druhov, ako aj ekoturistiky. Alpsko-karpatský riečny koridor ako úspešne realizovaný projekt v regióne Centrope Viedeň-Bratislava umožnil ekologické zlepšenia na viacerých prítokoch Dunaja, ako sú Fischa, Schwechat a ďalšie rieky na susednom Slovensku, za intenzívneho zapojenia miestneho obyvateľstva.