Jedinečnosť územia Národného parku Donau-Auen spočíva vtom, že spája dve európske metropoly a je situované v historicky významnej kultúrnej krajine. Svojimi činnosťami, ako aj vzájomnou spoluprácou s regionálnymi podnikmi, ovplyvňuje národný park rozvoj celého regiónu a pomáha zvyšovať jeho celkovú hodnotu. Spolupráca a partnerstvo národného parku s ďalšími turistickými centrami v regióne, ako sú napr. Archeologický park Carnuntum, Schloss Hof a lovecký zámok Eckartsau, sa odzrkadľuje v rôznych spoločných podujatiach a aktivitách.
Národný park Donau-Auen je súčasťou turistickej destinácie Donau NÖ, Römerland Carnuntum - Marchfeld a Weinviertel Tourismus, Marchfeld. Patrí tiež medzi najnavštevovanejšie turistické ciele a je partnerom NÖ Card.
Príroda národného parku je tiež súčasťou väčšieho územného celku: Dunajsko-moravských luhov, ktoré predstavujú vzájomne prepojený a viac-menej ucelený ekosystém. V zmysle ochrany prírody sa preto v rámci prírodného turizmu posilňuje spolupráca pozdĺž Dunaja a Moravy.